Stjórnskipulag Þjóðkirkjunnar byggir á spennu á milli opinbers reksturs og lýðræðislegrar leikmannahreyfingar. Þannig eru sem dæmi prestar ráðnir með blöndu af valnefndaráliti safnaðarfólks, með möguleika á prestkosningu, og að fylgdum reglum um opinberar embættisveitingar. Rekstur sóknarkirkna byggir með sama hætti á verkaskiptingu á milli sóknarpresta, sem bera ábyrgð á helgihaldi, boðun og safnaðarstarfi, og sóknarnefnda en þær bera ábyrgð á rekstri kirkjubygginga og mannaforráðum í söfnuðum.
Hluti reksturs Þjóðkirkjunnar er fjármagnaður með fjárlögum frá ríkinu er byggir á samningi um afnot ríkisins af kirkjujörðum. Þó kirkjan sé ekki opinber stofnun í eiginlegum skilningi hefur ríkisvaldið skorið framlög til kirkjunnar niður umfram aðrar opinberar stofnanir. Samningar hafa ekki verið efndir og kirkjuþing hefur verið nauðbeygt til að samþykkja fækkun prestsembætta 6 ár í röð. Prestum hefur fækkað stig af stigi, úr 138 og í 107 (m.v. fjárlög 2015) og prestar hafa, líkt og margar starfsstéttir, flutt til Norðurlanda í leit að vinnu og bættum kjörum. Í dag starfa yfir 20 íslenskir prestar í Noregi og Svíþjóð. Með þessari fækkun hefur trosnað það þéttriðna stuðningsnet sálgæslu, félagsstarfs og þjónustu sem prestar veita um land allt.
Söfnuðirnir reiða sig einvörðungu á sóknargjöld (trúfélagagjöld), sem eru félagsgjöld þeirra sem tilheyra Þjóðkirkjunni. Sóknargjöld þurfa að standa undir daglegum rekstri bygginga, viðhaldi þeirra, launum kirkjuvarða og starfsfólki í safnaðarstarfi. Hið opinbera innheimtir þessi félagsgjöld fyrir hönd trúfélaga en frá 2009 hefur ríkið ekki skilað þeim til fulls, heldur haldið eftir hluta þeirra. Þessi skerðing á innheimtum félagsgjöldum gengur jafnt yfir öll skráð trú- og lífsskoðunarfélög og leiðrétting þeirra varðar þau öll.
Gefur vinnu sína Sóknarnefndir eru misfjölmennar eftir stærð sókna en í sóknarnefndum starfa hundruð Íslendinga í óeigingjörnu og sjálfboðnu starfi. Skilyrðin til að þjóna í sóknarnefnd eru að vera 16 ára, skráður meðlimur í Þjóðkirkjuna og ekki vígður þjónn kirkjunnar. Ólíkt opinberum rekstrareiningum eða fyrirtækjum hvílir mesta ábyrgðin á rekstri safnaðanna á sjálfboðaliðum, ekki opinberum starfsmönnum, og það tryggir að starf kirkjunnar haldist grasrótarstarf.
Kirkjan er ekki rekin eins og opinber stofnun og fylgir ekki sömu lögmálum. Ekki þarf nema að skoða kort af kirkjubyggingum í Reykjavík til að sjá að það voru hverfin sjálf sem tóku ákvarðanir um staðsetningu þeirra. Kirkjur landsins voru byggðar fyrir fjáröflunarstarf kvenfélaga, félagsgjöld Þjóðkirkjufólks og framlög úr sjóðum kirkjunnar. Hér fyrr á árum þótti upphefð í því fólgin að vera sóknarnefndarmanneskja en í dag er líklegra að það mæti undrun, fremur en að fylgja upphefð. Það er með öðrum orðum ekkert á því að græða að vera í sóknarnefnd, hvorki fé né frama, og það fólk sem þar þjónar gefur vinnu sína af þeirri hugsjón að kirkjan geri samfélaginu gagn.
Úrsagnir úr Þjóðkirkjunni og sú ákvörðun stjórnvalda að halda aftur hluta af sóknargjöldum hefur bitnað á viðhaldi kirkna og dýrmætu barna- og unglingastarfi, tónlistarstarfi og öldrunarstarfi í söfnuðum. Barátta biskups í að sækja rétt kirkjunnar varðandi sóknargjöld er samstaða með sjálfboðaliðum sem sinna því flókna starfi að reka sóknarkirkju í sínu nærumhverfi. Það starf varðar ekki hagsmunagæslu stofnunar eða kjarabaráttu embættismanna, heldur velferð fólks. Kirkjan í hverfinu býður fram trúarlegan vettvang þar sem börn og fullorðnir geta fundið sér vettvang sem elskaðar manneskjur.
